Самара Городская
По объему торговли, разнообразию ремесленных специальностей и численности ремесленников в XVIII веке Самара уступала соседним городам на правом берегу Волги, таким как Саратов, Сызрань и Симбирск. Это можно объяснить тем, что левобережная часть Самары не имела своей сельскохозяйственной зоны, что не способствовало развитию товарного производства и не обеспечивало достаточное количество сырья для ремесленников.
Земли, отведённые городу, преимущественно использовались как пастбища, выгоны и места для заготовки сена. В конце 1760-х годов один из современников выразил удивление, отметив, что всего в нескольких верстах от Самары начинается высокая степь с чернозёмом, где трава растёт почти выше человека. На этих землях не возделывали хлеб. В отчёте комендантской канцелярии за 1774 год указывалось, что жители города Самары не занимаются земледелием и вынуждены покупать хлеб.
Весной 1646 года была проведена первая подворная перепись населения Самары, включая посад и единственную тогдашнюю Болдырскую слободу, а также уезд. Сведения о раннем формировании вокруг города Самары уезда с поместьями местных дворян имелись ещё до этой переписи. Это подтверждается предшествующими переписками. Таким образом, крепость Самара обладала всеми полноправиями города с момента своего основания в 1586 году.
В Самарском городке начала формироваться торгово-экономическая связь между народами среднеазиатских ханств и Русским государством. В 1600 году в Самаре была создана таможня, а вниз по Волге, возле прежнего поселения Самары, была установлена пристань.

Восстание Степана Разина
В 1670 году около 10 месяцев власть в Самаре удерживали выборные атаманы, соратники Степана Разина.
События начались 31 мая. Отряды Степана Разина пытались захватить Самару штурмом, но им не удалось это сделать. Они сожгли две сторожевые башни, опустошили посады за крепостной стеной и отступили вниз по Волге. Гарнизон под командованием воеводы Ивана Алфимова, состоящий из 100 конных стрельцов и 200 пеших войск, успешно отразил атаку и защитил город.
Снова казачьи отряды начали приближаться к стенам крепости 26 августа. А 28 августа, во время штурма, горожане внутри города поддержали их, открыли ворота и встретили Разина как почетного гостя, предложив хлеб соль и звон колоколов.
В результате воевода и несколько дворян были утоплены, оба стрелецких сотника - Алексей Торшилов и Михаил Хомутов - перешли на сторону восставших. Новым командующим гарнизоном стал Иван Константинов, выбранный атаман, а администрацию возглавил местный житель Игнат Говорухин. Они объявили всем вольность и полностью освободили жителей от всех видов податей.
Самара оказалась не только важным звеном в «оси» движения (Астрахань-Царицын-Саратов-Самара-Симбирск), но и ключевым пунктом сбора и координации различных вооруженных отрядов из Нижнего Поволжья, с Яика, южных городов для дальнейших походов под Симбирск.
Даже после гибели Степана Разина, его сторонники продолжали сражаться. В то же время симпатии горожан начали меняться, и 29 июня 1671 г. город принес повинную и вернулся под контроль центральной власти. Царские войска вошли в Самару без боя, арестовали и казнили городское руководство. Более ста человек были сосланы.
Город на Волге
В 1688 году Самара была переименована в город, а жители, в награду за их усердную службу и защиту края от набегов кочевников, наделены землей, в количестве около 120.000 десятин.
В 1708 году при Петре I Самара стала девятым городом только созданной Казанской губернии, в 1719 году была приписана к Астраханской. В то время в Самаре насчитывалось 210 дворов. С 1728 года Самара — вновь часть Казанской губернии.
В 1730-е годы Самара стала центром размещения Оренбургской экспедиции, которая занималась освоением и защитой территорий на южной границе Российской империи. Эта экспедиция, в частности, основала города Оренбург и Ставрополь-на-Волге (современный Тольятти). Одним из её ведущих деятелей был Василий Татищев.
Самара, начавшись с изолированного опорного пункта на Волжском пути, стала частью системы пограничных укреплений, направленной на защиту от набегов степняков обширных районов на левом берегу Волги. Возводимые крепости и укрепленные линии на территории, которая подвергалась освоению, постепенно продвигались вглубь Заволжья. В 1700 году началось строительство укрепленного пригорода Самары, названного Алексеевск, а спустя три года началось строительство города Сергиевска. Однако эти отдаленные друг от друга поселения не могли обеспечить достаточно эффективную защиту окружающих территорий. Татищев писал, что «под самым городом Самарою» казахи и калмыцкие кочевники «людей били и в полон брали, и скот отгоняли, чего ради по Самаре реке уже многие городки поставлены».
«1764 года ноября 16 дня указом Правительствующего сената по случаю учреждения на все присутственные места штатов в Самаре канцелярия уничтожена, и уезд оного велено приписать к Сызрани, который в том же году и присоединен».
Восстание Пугачева
25 декабря 1773 года Самара стала первым городом, поддержавшим восстание Емельяна Пугачёва.
Передовой отряд казаков подошел к Самаре. Однако гарнизон крепости, состоящий из 60 нестроевых казаков и имеющий 16 чугунных пушек, не обладал навыками стрельбы из них. Поэтому комендант Балахонцев, а также дворянская рота и большинство солдат, унесли с собой казну и порох, покидая Самару. Балахонцев поверил слухам о численности восставших (500 человек с пушками), в реальности же численность отряда была значительно меньшей.
Жители встретили вступление пугачевцев хлебом, солью и звоном колоколов. Отряд значительно пополнился сочувствующими и ссыльными. Однако уже 28 декабря полк Карла Муфеля приблизился к селу Рождествено. В результате битвы мятежники были разбиты. Выжившие и сторонники подверглись публичному порицанию плетьми на площади. Выжившие после этого были отправлены в Симбирск для дальнейшего расследования.
В мае 1775 года капитану Балахонцеву, бывшему коменданту Самары, был вынесен смертный приговор по обвинениям в измене, трусости и пропаже государственного имущества.
Деревянная Самара
К этому времени город постоянно расширялся, хотя все еще был небольшим. Застройка происходила хаотично, в основном из дерева. Это приводило к частым пожарам с катастрофическими последствиями. Один из наиболее разрушительных пожаров произошел весной 1765 года, когда было уничтожено 418 дворов, а оставшихся было всего 170.
Первые каменные дома в Самаре были построены только в 1840 году. А на главной улице города, Дворянской, до 1870 года были только деревянные постройки.
К концу 18 века Самара превратилась в уездный город, а центром уезда в течение длительного времени был город Ставрополь, ныне Тольятти. Однако вновь статус уездного города был присвоен Самаре в 1780 году, и в течение 70 лет она подчинялась Симбирску до образования Самарской губернии.